J’ai des contrats longs, mes JRTT et mes IFM pourront-ils être versés chaque mois sur mon CET ?

Non.

Chaque prime choisie sera versée sur votre CET au moment où elles devraient vous être payées : IFM à chaque fin de contrat, JRTT, à la fin de la mission, 13ème mois en fonction du rythme auquel cette prime est versée sur votre salaire (au mois ou à la mission).